Su primera aparición pública es en 1995 bajo el nombre de Wishmountain utilizando como instrumento una bolsa de patatas fritas. Después de dos años con el mismo nombre Herbert decide enterrar este proyecto para centrarse en su otro proyecto Radio boy. A mediados de los 90 Herbert viaja a San Francisco donde conoce a Dani Siciliano, cantante de jazz, con quien llegó a casarse. En 1998 se publica Around the house para el cual utiliza sonidos creados mediante útiles de cocina. Durante el resto de los 90 Herbert se dedica a hacer remezclas para otros artistas como Moloko, Motorbass, Alter ego, entre otros. También editó sencillos, maxis, y álbumes bajo un amplio abanico de nombres (Doctor Rockit, Radio Boy, Mr. Vertigo, and Transformer). En 2001 aparece Bodily functions con una estructura similar a Around the house, pero para el cual utilizó sonidos de distintas partes del cuerpo humano. Gracias a un acuerdo que firmó Herbert para el sello Studio !K7 este disco fue distribuido a nivel mundial. Goodbye Swingtime aparece en 2003 bajo el nombre de The Matthew Herbert big band, para la creación y composición del disco contó con la participación de 16 músicos provenientes del mundo jazz. En esta lista de músicos se encuentran los saxofonistas Dave O'Higgins and Nigel Hitchcock, el pianista Phil Parnell, y el bajista Dave Green, entre otros. La banda se completa en directo con Dani Siciliano y Arto Lindsay. En 2006 se publica Scale su disco más exitoso hasta la fecha.

Fue polémica la portada de su primer disco de larga duración -ya con Roadrunner Records-, Matando Güeros (1993), en la que se podía ver una cabeza separada de un cuerpo y a medio quemar, también una mano sosteniéndola por el cabello. Posteriormente, la imagen de esta cabeza se convertiría en un emblema de la banda, transfigurándola en su mascota conocida como Coco Loco (idea similar al Eddie de Iron Maiden). Gracias a este disco y a los rumores que generó, Brujería se hizo más popular. En este álbum se integra El Hongo (Shane Embury) al bajo para formar la alineación definitiva de la banda hasta el 2000. Tras un par de años de receso, varios de sus integrantes tenían compromisos con sus grupos principales; en 1994 publicaron un EP tributo a Pablo Escobar, uno de los mayores traficantes de cocaína del mundo y que falleció en 1993, titulado "El Patrón". Gracias a este trabajo, se dice que incluso la DEA los tuvo entre sus hombres más buscados. No obstante, todas las partes implicadas han desmentido siempre este hecho.